1948年3月，东北野战军解放了战略要地四平。4月17日，学院在省委机关报《胜利报》上刊登续招新生的简章。6月，辽北医学院和军区第36后方病院奉命随辽吉军区卫生部一同迁往四平。
1948年秋，人民解放战争进入夺取全国胜利的决定性阶段。中共中央军委审时度势，及时做出了战略决战的英明决策。为适应决战的需要，7月，东北局决定以辽吉省为基础，并入原辽宁省7个县，成立新的辽北省。辽吉省军区改称辽北省军区，军区卫生部改称辽北军区卫生部。由于战略决战要打大仗、打恶仗、打硬仗，急需补充大量的医务人员，所以军区卫生部决定辽北医学院于同年8月改为辽北军区卫生学校。
学校的组织机构设政治处、教务处、总务科。校长由吴行敏继任，政委由郭永德继任，苏皓亮任教务主任，王承印任政治部主任、党支部书记。教员有李云山、孙巽、李辉等，助教有桑文珠、桓志一等。
为了适应解放战争和后方建设的需要，学校招收了调剂、护士、化验、卫干4个专业的新学员。加上1948年4月入学的军医班学员，在校学生共有216人。
辽北军区卫生学校初期校址设在四平市道里三马路一所大仓库里，1948年底搬到四平师范学校旧址。由于战争破坏使当时的校舍弹痕累累，满目疮痍。广大师生怀着极大的热情投入医治战争创伤、修复校园的工作。自己动手修理门窗，制作桌椅，修补围墙，开垦荒地，种植蔬菜。经过师生员工共同努力，学校的办学条件有了较大的改善。在劳动中师生建立起相互信任，相互尊重的民主、平等、亲密的关系。
在四平办学初期，由于学员有的来自新解放区，还有一部分来自敌战区，他们之中不少人受到过国民党欺骗宣传和教育。所以，新生入学之初，学校先进行两个月的政治学习，整顿思想，提高觉悟。通过上课、作报告等方式，对学生进行思想教育。政治学习的主要内容有美国和苏联问题，中国共产党和中国国民党问题等，通过学习使学员认清什么是社会主义，什么是资本主义，什么是革命，什么是反革命，克服不切实际的糊涂思想，坚定革命到底的决心。学校还不定期开展了“立功受奖”运动，调动广大师生学习、工作、生产的积极性。
