1947年8月15日，学院举行了第二期开学典礼。会上，吴行敏代表军区卫生部讲话，号召大家为人民立功、虚心学习、提高技术。王承印代表学院讲话，鼓励大家要确定革命人生观，要全心全意为伤病员服务。
学院成立后，除军区班第一期留下的10名学员继续学习外，又招收了第二期学员，其中，调剂班20人、护士班90人。在此期间还招收了第三期学员，这期主要是为部队培训卫生员。
设在李家公馆的校舍比以前的校舍有所改善，但师生的工作、学习、生活仍然很艰苦。冬天，因为没有柴烧，宿舍的墙壁和草垫下全是霜，学员们的伙食是高粱米、冻白菜、冻萝卜。全院师生学习延安“抗大”精神，发扬我党我军的光荣革命传统，自力更生、艰苦奋斗。学院自办商店、粮米加工厂，增加经费收入。秋天，师生打羊草，解决牲畜饲料。冬天，师生打红草，解决伙食用柴。学员们还开荒种地、养猪，自己动手，丰衣足食。
条件虽然艰苦，但学员学习热情高涨，在“一切为了解放战争”的口号下刻苦学习，学校根本没有休息日。学校提出组织上军事化，行动上战斗化，工作上革命化。每天清晨，起床号声一响，学员们就开始了紧张的生活，出操跑步，整理环境，吃过早饭之后就开始上课。每天上课6小时，其余时间为自习。由于缺乏教材和书籍，学员们在上课时边听、边看、边记，学习十分努力和刻苦。晚上，大家仍围坐在油灯下认真攻读，或在一起进行讨论，互相提问，交流学习心得，使学到的知识得到更好地吸收和消化。
这时，大部分教材仍由教师自己编写，还有一部分是使用当时在兴山的中国医大的教材。虽然仍是油印本，但从内容到形式都比以前较丰富和正规一些。在课程安排上，开设了生理学、人体解剖学和拉丁文等基础课程。临床医学课开设内科学、外科学、临床技术学，仍以战伤外科学为主。
1947年10月，一期军医班10名学员毕业，有5名学员分配到军区第三十六后方病院实习，其他5人由郭永德、崔健带领到东北最大的医院——哈尔滨卫戍区医院实习。在实习过程中，每个人确定了所从事的专业，由医院的专家、教授亲自指导实习，医疗水平得到很大提高。1948年4月，半年实习结束，10名学员全部分配到部队当了军医，从事医疗工作，这些人后来都成为新中国医疗卫生战线上的骨干。
学校十分重视对学员进行政治教育，每周学员都上政治课。有时利用战争间隙进行2—3个月集中学习，党支部书记亲自任课。政治学习的主要内容有社会发展史、政治经济学、大众哲学、革命人生观、青年运动方向等学科，使学员了解人类社会发展规律、祖国的前途，坚信中国共产党的领导，把个人的命运同人民解放事业紧密联系起来。除政治理论学习外，每隔1－2周还有时事政治教育，着重讲解共产党的各项方针政策及解放军的胜利，坚定“打倒蒋介石，解放全中国”的信心。
这个时期，充满革命乐观主义精神的师生，利用业余时间广泛开展了文化艺术活动。学院创办了校刊《医光塔》，每半月出刊一次，以理论宣传、通讯报道、知识问答、文学作品为主要内容。与此同时，学院还建立了“医光文工团”，下设音乐和话剧两个组，排演文艺节目，经常深入到部队和地方进行演出。话剧组先后自编自演了《救命军》《美军暴行》《牛永贵负伤》《马明德的末路》等优秀剧目，深受观众喜爱。在洮南，每逢“医光文工团”演出，当地人山人海就像过节一样。文工团曾受到省军区的表奖，并几次应邀到军区所在地白城进行慰问演出，扩大了我党我军的政治影响。
由于日寇投降之前，将“七三一”部队设施炸毁，使疫菌扩散。所以，1947年，正当我军发起夏秋攻势时，西满地区鼠疫大流行。东北党政军领导机关采取紧急措施，组成东北防疫委员会，发布“防止鼠疫令”。根据上级指示，学院立即派出30名学员组成“防治鼠疫医疗队”，赶赴通辽疫区进行卫生宣传，发动群众开展“防疫保命”运动，扑灭疫源，进行治疗工作，有力地配合并支援了解放战争，受到人民政府和当地群众的赞扬。
