1946年10月、11月间，国民党军队相继占领了通辽、开鲁、喀左中旗舍伯吐和长岭县城，辽吉地区形势进一步恶化。为了保存力量，根据辽吉军区指示，军区卫生部和学校撤到内蒙的突泉。这一地区远离铁路沿线，人烟稀少，土地贫瘠，物资匮乏，又多属蒙古族聚居处，风俗习惯不同，条件更加艰苦。学员们除了上课以外，还要搞生产自救。1947年5月，学校开展了生产节约运动，建立了生产委员会，有统计、栽植、积肥、保管、督导5名委员。师生还分别组成了劳动互助小组，在“纠正懒汉子的习气”“减轻人民负担”的口号下，艰苦奋战开了三垧半荒地，补充和缓解了学校粮菜不足的状况。同时也改变了人们的精神面貌，增强了师生们的劳动观念和吃苦耐劳的意志。
在突泉办学期间，战争更加频繁和激烈。开鲁、长岭、康平、库伦等战役，队军大批伤员被安置在军区第一休养所。全校师生以最大的热情投入到抢救和看护伤员的战斗中。他们精心治疗，无微不至地照料伤病员，任劳任怨，夜以继日地工作，将伤员的生命从死神手中一个个地抢了回来，赢得了军区领导的表扬。在此期间，师生还经常深入到驻地，利用自己的业务专长，为当地的农牧民群众防病治病。还经常为他们挑水、扫院子、整修街道，密切了军民关系。
1947年春，东北我军展开了“三下江南，四保临江”的作战，由战略防御逐渐转入战略进攻。在辽吉军区统一指挥下，各军分区局部反攻，在3月间收复了开鲁、长岭、康平、库伦、哈尔套等地，打开了辽吉对敌斗争的新局面。为了适应在新形势下作战的需要，更好地发挥主力部队的机动作用，5月，东北民主联军总部决定组建7、8、9三个野战纵队，辽吉军区承担组建第7纵队的任务。陶铸同志号召将好人、好枪、好马、好物首选交给野战部队。学校领导从大局出发，不仅将第一期军医班三分之二学员送往部队，而且把学校三分之二的物力、财力也拿去支援了第7纵队。副校长吴日承、政治部主任刘云飞、协理员裴一为也调到第7纵队工作。余下的师生在校长吴行敏的率领下，于1947年6月1日，从内蒙的突泉地区迁回洮南继续办学。
在人民解放战争取得胜利的形势下，1947年5月，东北局作出《关于东北目前形势与任务》的决议。决议向东北全党提出了新的任务，即“积极组织力量，全力准备大反攻，大量歼灭敌人，大量收复失地，巩固和扩大解放区”。根据这个决议，辽吉军区卫生部为适应战争急剧发展的需要，决定在辽吉军区卫生学校的基础上创办医学院，为部队培养高、中级医学人才。1947年7月，辽北医学院在洮南李家公馆正式成立。因为洮南地区属辽北人民政府行政区域，所以学校称辽北医学院。吴行敏任院长，军医卫生部政委郭永德任政委，王承印任协理员，负责学院相关工作。
