军区卫生学校创办伊始，就确定了“一切为了革命战争”“一切为了伤病员”的办校方针。根据党中央建立巩固东北根据地的指示精神，学校把在短期内为部队培养出大批适应解放战争需要的中级卫生技术人员作为办学目标。学校的教师来源：一是由部队自己培养的医务人员兼任或担任。校长吴行敏、副校长吴日承，军区卫生部医政科科长张利君，军区卫生所大夫崔健，第二休养所大夫游绍立都担任医学专业课的教学；二是来自东北当地的医生，这些人中大都受过正规教育，有一定的业务专长；三是日籍医护人员，从事临床教学。学校领导认真贯彻党对知识分子和日籍医务人员的政策，在政治上对他们教育和信任，在工作上大胆使用，在生活上给予照顾，使他们安心工作。这些人不但使学校的师资力量得到补充，而且在完成繁重的教学和战伤治疗工作上也起到了很好的作用。军区卫生学校在教学中为革命战争服务的思想十分明确，教员为此目的而教，学员为此目的而学。学校是在频繁的战斗中进行教学的，这就决定了它的专业设置、学制以及教学内容都要适合于解放战争这一特定的环境。学校开办了军医、药剂、护士3个专业班，分别采取1年、6个月、3个月不等的速成学制。学员入学后经过考试，按照文化程度及考试成绩确定所学专业。课程以内科、外科为主，以部队战伤和多发病的防治为重点，讲课内容少而精，简明适用。每周还上1－2次政治课，由学校领导或教员讲述革命形势和革命的基本问题，以提高学员的政治思想觉悟。
学校非常重视对学生的组织和管理，按专业编期，每期设期长，从学生中选出。期下分班，有班长、副班长，期长和班长协助教师共同做好学员的思想、学习和生活工作。
军区卫校开办之初，困难很多，教员数量不足，学生文化基础参差不齐，几乎没有教学设备。没有教室，就在露天上课。没有黑板，就用门板当黑板。没有书桌，就用双膝当书桌。教材由教员自编，大部分由教师口授、学员笔录，少部分刻蜡板油印而成。教材内容尽力做到既不脱离战争的实际需要，又要适合学员的文化水平和接受能力。当时学校的生活也很艰苦，师生吃的是高粱米饭，穿的是粗布军衣。大家都不发薪金，过的是军队供给制生活。
由于处在战争环境，学校一面进行教学，一面担负战地救护工作。没有战事，学员就在学校上课，一旦前线有伤病员下来，学员们就在老师带领下，赶到辽吉军区第三十六后方病院参加抢救和治疗伤病员的工作。三十六后方病院内设80多张简易病床，有大、小X光机各一台。有内科、外科、齿科、皮泌科等医疗科室，主要是战伤外科。学员们从学中干、干中学，在战争中迅速成长。
学校根据陶铸“把大批积极分子吸收到党内来”的指示，注意在实际斗争中培养和发展先进分子入党。1947年2月，学校发展了陈国志、唐绍新、赵光月等第一批中共党员。那时，学校党的组织虽然还处于不公开状态，但是大家都知道谁是党员，因为当时共产党员的模范作用是十分突出的。一项任务下来，先在党内进行动员，党员带头行动，吃苦在前，享受在后，群众从行动就能准确地判定谁是党员。
