学校在四平办学期间，开设了生理学、病理学、解剖学、药理学和拉丁文等基础医学课程。临床课除开设内科学、外科学以外，还开设了耳鼻喉科学、眼科学、妇科学、小儿科学、皮肤科学等。在教学上，学校明确指出“基础服从临床，临床服从实际需要”的教学指导思想，采用“形象教学法”，力求做到理论结合实际。师生亲自动手制作了许多人体器官和骨骼标本，用实物教学来加深学员们的理解和记忆。经过大家共同努力，学校的标本、模型、挂图等教学仪器较以前大为充实，为扩大办学规模，提高教学质量奠定了物质技术基础。
1948年冬，辽北省卫生防疫大队进行冬季休整。学校从防疫大队招收了227人进行防疫专业培训，这是学校首次开设预防医学专业课程，为以后这门学科的教学和研究积累了经验。1949年5月，这批学员毕业，重新回到卫生防疫工作的岗位，担负起防疫治病的光荣任务。
1948年11月2日，随着辽沈战役的彻底胜利，东北全境宣告解放。23日，东北局在沈阳召开了扩大会议。会议总结了东北三年解放战争获得胜利的基本经验，分析了东北全境解放后的新形势，提出了全力建设新东北和支援全国解放战争的任务。为了建设新东北，1949年1月，辽北军区卫生学校师生根据上级的指示集体转业到地方，学校改称辽北省立卫生学校，接受辽北省委和辽北军区双重领导。辽北军区第三十六后方病院也移交给地方政府领导，改为辽北省立医院。
在人民解放战争三年多的时间里，学校共培养出8期学员近1000人，其中，绝大部分毕业生分配到部队各级卫生医疗机构，少部分走向地方卫生医疗和卫生防疫的工作岗位。学校在短期内培养大批革命医务干部，有力地支援了解放战争，为迎接全国解放做出了重要的贡献。
1949年5月，东北局决定撤销辽北省。根据这个决定，7月，辽北省立医院大部分人员和设备由四平市搬迁到锦州市，与辽西省政府门诊部合并，成立了辽西省立医院，辽北省立卫生学校与四平高级助产学校一同迁到锦州市，与锦州护产学校合并，组成了辽西省立卫生干部学校，从此学校进入了新的历史发展时期。
