1957年12月31日，高等教育部发出指示，要求各学校切实贯彻执行中共中央和国务院提出的勤俭建国、勤俭办学的方针，开展增产节约运动。1958年3月初，学校由党政工团及师生11人组成勤工俭学委员会，委员会下设办公室。各年级成立了勤工俭学小组。3月中旬，学校党委向全校教职工做关于勤工办学、勤工俭学的动员报告，得到了广大师生积极拥护和响应。
1958年7月，经国务院批准，在锦州卫生学校的基础上成立锦州医学院，隶属于辽宁省人民政府。辽宁省第一省立医院改名为锦州医学院附属医院，在承担医疗工作的同时，承担学校的临床教学与生产实习任务。学校成立后，刘玉海、马玉双、苏才任党委副书记，王承印任院长。从此，学校步入了高等医学院校的行列，担负起为国家培养高级医疗技术人才的光荣任务。
按照高等院校的特点，学校进行组织机构调整和人事安排。在学校党委下设组织部、宣传部和党委办公室；行政设教务处、总务处；教学设12个教研室，9个实验室，并任命了干部。在上级党和政府的大力支持和兄弟院校的积极援助下，学校扩建校舍，购置设备，从中国医科大学和其他院校调入一批教授、讲师和其他教学人员。王惠孚、李彦、徐振华、应起翔等一些专家、教授先后到学校任教，充实了师资队伍。9月，学校招收了第一期医疗系本科生。学校同时附设卫生学校，继续培养医士、护士、药剂士等专业的中级卫生技术人才。
1958年5月，中共八大二次会议在北京举行。会议通过了“鼓足干劲、力争上游、多快好省地建设社会主义”的总路线。在这种形势下，学校根据会议精神，制定了学校“跃进”计划。在井然有序的校园里建起转炉“大炼钢铁”，建立活性炭厂、红砖厂、药厂，学生参加上山开矿、建炉炼钢、托坯烧砖等生产劳动。从5月31日至6月11日，全校546名师生到绥中县前所人民公社参加抗旱播种劳动。9月中旬，全校停课，师生利用10周时间到农村参与“深翻土地”的劳动。从12月15日至29日，全校再次停课，师生1009人组成调查团，分赴朝阳、凌源、建平、锦西等6个县及锦州市3个区，市郊5个乡进行调查、访问、卫生宣传、搜集中医秘方验方，为群众治病。返校后在基层调查基础上，开展办学方向、培养目标“大辩论”，并提出教育改革方案，制定教学计划和编写教学大纲。在此期间，学校正常的教学、医疗、科研工作受到严重冲击，教学、医疗和科研水平明显下降。
