在教学改革过程中，学校贯彻“一主二从三结合”的原则，即以教学为主，生产劳动和科学研究为辅，三者结合。从实际出发，破除迷信，解放思想，从教学内容、教学方法和教具三个方面进行改革。通过反复调查研究和专题讨论，学校找出了基础与临床脱离、理论与实际脱离、教学与技术革新脱离等问题，修订了教学计划，将劳动纳入了教学计划。重新编写了教学大纲、实习大纲和劳动大纲，在教学内容上删掉了许多陈旧、重复、繁琐、实用价值不大的内容，大量增添新的科学知识和新的现代科学成就。在教学方法上，克服填鸭式教学，以启发式的方法调动学生学习的积极性和主动性，培养学生分析问题和解决问题的能力。师生本着大胆创造、自力更生、就地取材的原则，进行教具改革，制成了电式大脑模型、电子听诊扩音机、万能自动染色机等50多件电化教具。
全校师生对办好学校蕴藏着极大政治热情和积极性，决心摘掉“专科”帽子办本科大学，由于全体师生共同努力，学校的教学、医疗、科研各项工作出现了奋发向上的新局面，取得了优异成绩。
1960年3月，学校被评为“锦州市文教系统红旗单位”，5月，学校派代表参加全省文教系统社会主义建设先进单位和先进个人代表会议。6月，学校参加了全国文教群英会，被国务院授予“全国文教先进单位”称号。这是党和人民给予学校的荣誉，也是全校师生员工同心同德、共同奋斗的结果。
同年5月，中共锦州市委决定恢复锦州医学院名称，但学制未变。7月，中共辽宁省委派唐文华同志到学校任副院长。
1959年底到1961年初，我国的国民经济出现危机，人民生活遇到暂时困难。在这期间，学校向全体师生进行认清光明前途、发奋图强、战胜困难的形势教育。为了有效地克服由于农业连续受灾和生活上出现的困难，学校领导按照上级“一手抓生产，一手抓生活”的方针，在1959年创办了占地290亩的农场，1960年又创办了渔场，建立了生产劳动和副食品生产基地。全校上下自力更生、艰苦奋斗，到1961年底，共产粮食15万斤、蔬菜140多万斤、肉蛋鱼类14000多斤，有效补充了市场供应不足，改善和调剂了师生生活。学校党委还本着“政治进食堂，干部下伙房”的精神，采取粗粮细做、调剂饭菜品种等各种措施，保证了广大师生健康，保证了教学工作任务的顺利完成。
